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Desde el punto de vista geomorfológico el estuario de Bahía Blanca posee una configuración en triangulo, con los canales mayores orientados en dirección noroeste-sudeste (NO-SE). Estos canales son los denominados canales primarios o colectores, entre ellos encontramos a los denominados: Canal Principal, Bahía Falsa, Bahía Verde y Caleta Brightman.

Los canales secundarios o afluentes, se comunican con los primarios con orientaciones y nombres diferentes y que hacia occidente presentan una distribución dendrítica. Algunos de ellos son: Canal Cabeza de Buey, Canal La Vieja, Canal La lista, Canal Tres Brazas, Canal del Embudo.

También existen los canales denominados canales de tercer orden, que son los canales que se interconectan con los canales secundarios. Algunos de ellos: Canal El Alambre; Canal Tierra Firme.

Son formas sumergidas o semisumergidas que, de contornos y tamaños diversos, se desarrollan a lo largo de los canales y constituyen líneas de rompiente frente a la Bahía Verde y a la Caleta Brightman.

Los fondos son de arena negra y dura en todos los bancos y sus proximidades; en los canales se puede observar arena fangosa.

Sus veriles son acantilados; por lo tanto, la sonda los indica cuando se está sobre el banco y cuando ya es tarde para maniobrar. El banco del Norte es el único cuya profundidad decrece gradualmente.

Con buen tiempo el agua está más en calma sobre los bancos que en el canal, donde a veces se nota una marejadilla; lo mismo ocurre durante la pleamar cuando la brisa es fresca, pero en bajamares, especialmente cuando hay brisa, se ven rompientes en todas direcciones sobre los bancos. Esto último también ocurre con vientos del SE o después de ellos y mientras dura la creciente. En algunas circunstancias las aguas no indican la presencia del veril del banco, y en otras oportunidades se notan rompientes en sus veriles, o pequeños escarceos.

BAHÍA FALSA

Situada al S de isla Trinidad; es amplia y ofrece buen fondeadero abrigado de todos los vientos; sólo los del SE levantan un poco de mar. Está rodeada de bancos y, como no se puede reconocer la costa sino cuando se está sobre ellos, hay que tomar muchas precauciones al recalar, pues solo podrá ayudarse con la sonda. El faro El Rincón, una vez avistado, es el punto más confiable para obtener situación; sus ecos radar son buenos, excepto en el caso de estar al NNE de él, en que se confunde el eco con el perfil de la costa. La baliza Punta Lobos es visible desde todos los puntos navegables, pero presenta el inconveniente de tener mal corte con el faro El Rincón durante la aproximación desde el mar; no es fácil reconocerla en el radar.

Los canales y arroyos de marea que surcan tanto las planicies de marea como las marismas conforman una compleja red de drenaje.

Pero a diferencia de las redes fluviales, esta red del estuario no configura cuencas con límites bien definidos, ya que la circulación del agua solo se ve afectada por la topografía al principio y al final del ciclo de inundación y desagote producido por la marea. El grado de sinuosidad de los canales varía en función de la pendiente del terreno y del tipo de sedimento.

No solo son de interés las zonas intermareales. Los canales de marea también lo son, en particular, las formas de sus fondos. En la parte más honda del estuario, cerca de su boca, donde la profundidad media es del orden de 22m, hay un campo de dunas sumergidas de hasta 6 m de alto y longitudes de onda (o separación entre dunas) del orden de 400 m.