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Los nutrientes tales como el nitrógeno y el fósforo son necesarios para el crecimiento de las plantas y los animales y sostener un ecosistema acuático saludable. Sin embargo, en exceso, los nutrientes pueden contribuir a enfermedades de peces, mareas marrón y rojas, florecimiento de algas y oxígeno disuelto bajo.

La condición donde el oxígeno disuelto es menos de 2 partes por millón se conoce como hipoxia. Muchas especies son dadas a morir por debajo de ese nivel- el nivel saludable de oxígeno disuelto en las aguas debe ser entre 5-6 partes por millón. Las fuentes de nutrientes incluyen fuentes precisas y fuentes dispersas tales como descargas de aguas de plantas de tratamiento, aguas de escorrentías de la agricultura, pozos sépticos, desperdicios de animales, sedimento, deposición atmosférica originada por plantas generadoras o por vehículos y descargas subterráneas.

Los agentes patógenos son organismos causantes de enfermedades tales como virus, bacterias y parásitos. Se encuentran en las aguas marinas y pueden ser una amenaza a la salud de los nadadores, buzos, corredores de tablas hawaianas y consumidores de mariscos.

Los peces y los moluscos concentran los patógenos en sus tejidos y pueden causar enfermedades a las personas que los consumen.

La contaminación con patógenos puede causar el cierre de playas y áreas de pesca.

Sustancias tóxicas tales como metales, hidrocarbonos policíclicos aromáticos, bifenilos policlorinados, metales pesados y plaguicidas son de interés para el ambiente estuarino.

Estas sustancias entran al agua a través de pluviales, descargas industriales y escorrentías de aguas agrícolas y de la calle, descargas de plantas de tratamiento y de la deposición atmosférica.

Muchos contaminantes tóxicos se encuentran también en los sedimentos y son resuspendidos al medioambiente por actividades tales como dragados y paseos en barcos.

El bienestar y la biodiversidad de los sistemas marinos y estuarinos dependen del mantenimiento de una calidad superior del hábitat. Las mismas áreas que frecuentemente atraen el desarrollo humano también proveen alimento, albergue, corredores migratorios y criaderos para una variedad de organismos costaneros y marinos.

En adición, estos hábitats también desarrollan otras funciones importantes tales como almacenamiento de agua y protección de inundaciones. Los ecosistemas pueden ser degradados a través de pérdida de hábitat- tal como la conversión de un área de hierbas marinas a una isla de material dragado- o por un cambio o degradación en la estructura, función o composición.

Intencionalmente o accidentalmente la introducción de especies invasivas generalmente resultan en impactos ecológicos, económicos y sociales inesperados para el ambiente estuarino.

A través de la depredación y la competencia, las especies introducidas han contribuido a la erradicación de algunas poblaciones nativas y a la reducción de otras, alterando la cadena alimentaria.

La sobrepoblación con algunas especies herbívoras introducidas ha resultado en la sobreproducción de pasto y ha generado degradación y pérdida de ciénagas.

Fuente: U.S. Environmental Protection Agency - National Estuary Program.

La alteración del régimen natural del flujo en los tributarios puede tener efectos significantes en la calidad de las aguas y la distribución de los recursos vivientes en los estuarios recipientes. El agua dulce es un recurso limitado en muchas áreas de la ciudad. El manejo humano de estos recursos ha alterado el ritmo y el volumen del influente a ciertos estuarios.

Cambios en el flujo natural de agua dulce a ciertos estuarios pueden tener impactos significativos en la salud y en la distribución de plantas y vida silvestre. Mucho o poco las aguas dulces pueden afectar adversamente el desove de peces, la sobre vivencia de mariscos, el anidaje de pájaros, la propagación de semillas y otras actividades de temporada, en peces y vida silvestre.

El influente, en adición de cambiar los niveles de salinidad, provee nutrientes y sedimentos que son importantes para la productividad general del estuario.

Fuente: U.S. Environmental Protection Agency - National Estuary Program.

Eventos inducidos por humanos que perturban o cambian las condiciones ambientales afectan la distribución y abundancia de las especies en los estuarios. La disminución en la población de peces y vida silvestre ha resultado de la fragmentación de la pérdida de hábitats y de ecosistemas; contaminación y disminución de calidad del agua; sobreexplotación de recursos y especies introducidas.

La pérdida de hábitats y su degradación puede causar la merma de la pesca comercial y deportiva, cambios en la población de especies de aves acuáticas y decrecimiento de habitats para pájaros migratorios neotropicales y otras especies.